上世紀七十年代河流湖泊中沉水植物很多，水質很好，當地農民直接作飲用水，同時沉水植物還可以用作農田肥料。七十年代我國的水資源污染還是很輕微的，農村河流湖泊的主要污染應該是農村面源污染，N、P是主要的污染物，極大部分水體沒有達到富營養化水平，污染尚在沉水植物的自凈范圍內，這也說明水質好是沉水植物凈化水體的效果。而農民打撈沉水植物用作肥料說明了沉水植物中N、P含量較高，有較高的肥力。上世紀八十年代末到九十年代以后，水體的富營養化迅速加劇，到了本世紀，河流湖泊中的富營養化已到了十分嚴重的程度。

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為什么現在河流湖泊中N、P含量很高，而沉水植物反而少了，這又是什么原因呢？這是一個比較復雜的問題，簡單地說主要有兩個方面的問題，一方面是沉水植物被去除后加劇水體的富營養化，如池塘養魚、養珍珠等；另一方面是水體嚴重富營養化破壞了沉水植物的生境，導致沉水植物大量死亡，甚至消失。包括打破了浮游動物和浮游植物食物鏈平衡，使浮游植物大量滋生，使其在和沉水植物競爭中占據優勢，抑制了沉水植物的生長發育；又如污染物濃度過高超過了水體的自凈能力，破壞了沉水植物的正常生理活動，直接導致沉水植物的死亡等等。